Программа рассчитана на два этапа: с 2012 по 2014 гг. и с 2015 по 2020 гг. В проекте сформулированы основные проблемы и дан прогноз развития рыболовной отрасли страны. Запланированные мероприятия призваны сохранить и приумножить водные биоресурсы, а так же перевести отрасль от экспортно-сырьевого типа развития к инновационному.

Программа включает 8 подпрограмм: «Сохранение и воспроизводство ВБР», «Аквакультура», «Организация рыболовства», «Обновление материально-технической базы», «Научная и инновационная деятельность» и другие.

Программа уделяет внимание развитию аквакультуры и техническому перевооружению действующих рыбоперерабатывающих и рыбодобывающих мощностей.
Проектом предлагаются экономические меры, направленные на усовершенствование рыбоперерабатывающих производств, – субсидирование части затрат на уплату лизинговых платежей и процентов по кредитам, предоставление права применения пониженной ставки сбора за пользование объектами ВБР не только организациями, но и индивидуальным предпринимателям, корректировка ставок таможенных пошлин на экспортируемую рыбопродукцию с низкой степенью переработки и импортируемую продукцию с высокой степенью переработки.

Задачами программы являются также развитие науки и технологий, повышение эффективности государственного управления в сфере рыбохозяйственного комплекса, развитие рынка рыбной продукции.