Программа предусматривает существенное увеличение объемов производства продукции аквакультуры. Так в 2020 году планируется получить 315 тыс. тонн (155,3 тыс. тонн в 2013 году). Уже в текущем году объем производства товарной рыбы должен составить 195 тыс. тонн.

Программой предусмотрено выделение субсидий на разведение племенных объектов аквакультуры, проведение ветеринарно-санитарных и лечебно-профилактических в товарном рыбоводстве. На субсидии могут рассчитывать инвесторы и ученые. Предусматривается и введение новых перспективных одомашненных видов и пород рыб.

Авторы программы указывают на направления развития аквакультуры в регионах в зависимости от их природно-климатических и социально-экономических особенностей. Так в Центральном федеральном округе инвесторам может быть интересно производство деликатесных видов и пород рыб, включая осетровых и лососевых. Северо-Кавказский федеральный округ имеет перспективы для выращивания форели, Крымский – мидий, устриц, кефали, камбалы. На Дальнем Востоке есть необходимые условия для развития марикультуры.

Поддержку товарной аквакультуры планируется осуществлять в рамках программ развития рыбохозяйственного комплекса и развития сельского хозяйства.